御祭神、日本武尊(やまとたけるのみこと)は第12代景行天皇の皇子で、御名を小碓皇子(おうすのみこ)と申されました。

景行天皇の御代４０(１１０)年、日本武尊がご東征されたときに、現在の松戸付近で、従者の吉備武彦連（きびのたけひこのむらじ）大伴武日連（おおとものたけひのむらじ）と待ち合わせたという言い伝えがあります。その際に陣営した場所に、後世、日本武尊をお祀りする祠が建てられ、松戸神社の起源となりました。『待つ郷』（まつさと）＝『待土』（まつど）と呼ばれ、『松戸』の地名が生まれたと云われています。

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江戸期には、街道の宿場町『松戸宿』として賑わうなかで、水戸徳川家からも崇拝を受け、数多の奉納品（御神宝）が納められました。当社のご社殿は、寛永３年（１６２６）年の創建とされ、神仏習合思想の影響で、かつては御嶽大権現と称しました。郷土の伝承には、水戸中納言光圀公の逸話が残っています。光圀公が鷹狩でこの地を訪れた際に、当社の大銀杏に止まった白鳥へ鷹を放とうとしましたが、鷹は微動だにしない。　憤慨した光圀公は、弓で射ようとするも、弓手は動かなくなり弓も中心から折れてしまった。　愕然とした光圀公は、折れた弓矢を奉納し、御神前に鎮謝して帰ったと伝っています。

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